在2.7亿多年前，云南的昆明地区还是一片宽广的海洋，这里阳光充足，温度适宜，海水中生活着大量的贝壳类和珊瑚类生物。各种生物遗体或遗迹埋藏于沉积物中，石化之后便形成了化石。
在海水的压力作用下，化石和其他碎屑形成了石灰岩。石灰岩是以方解石为主要成分的碳酸盐岩，容易被水溶解，尤其是在水体中富含二氧化碳时，石灰岩又被称为可溶性岩。
又过了1亿年，地壳运动使这片地区脱离了海洋环境，上升成为了陆地，并爆发了大规模的火山活动，滚滚岩浆从地下深处沿断裂喷溢而出。
炽热的岩浆流进这片区域，使早期形成的石芽、石柱被烘烤和掩埋。这些来自水中的岩石经受了地狱之火的考验，岩浆冷却后成为玄武岩，厚度达到了多米。
在之后的近2亿年间，这片地区一直处于被玄武岩覆盖和缓慢的抬升状态。由于剥蚀作用，玄武岩盖层变得越来越薄。石灰岩和早期的石林重新露出地表，并开始新一轮的发育，这一轮发育持续了约多万年。
到了多万年前的始新世时期，在早期喜马拉雅造山运动的影响下，这片地区掀斜抬升，形成了一个大型的内陆湖泊，称为“路南古湖”。
地表水不断从湖周向古湖汇集，同时将剥蚀下来的物质带入湖中，在湖底形成了厚厚的碎屑沉积，因颜色呈红色，所以又称红层沉积。到万年前的渐新世末期，由于地壳抬升，古湖中心南移，湖水面积也逐渐缩小，最后在南部大叠水一带出现了悬崖，湖水泄出，古湖消亡。
在此期间，随着青藏高原的隆起，这片地区也处在持续的抬升过程中，那么就使水具有了较大的向下侵蚀的能力。随着侵蚀面积的加大和不匀均状况，逐渐就发育成了后来垂向立体的石林景观。
在地壳抬升的过程中，岩石不断受到力的挤压后，在垂直方向上便产生了两组以上的裂隙，在平面上形成了网格状，然后水和生物沿这些裂缝向下溶蚀岩石。随着裂缝的加深加宽，一个个石柱分离出来，再经构造抬升，石柱露出地表，组合在一起就形成了石林。
在近3亿年的地质历史时期中，石林地貌的发育经历了新老交替，老的石林逐渐消失，新的石林不断形成。后来地质科学便将它命名为喀斯特岩溶地貌，并说这是3亿年地质变迁与风雨剥蚀留下的足迹。
云南石林喀斯特地质地貌奇观分布范围广豪，气势恢宏，类型多样，构景丰富，具有极高的美学价值。在云南石林，有雄奇的峰林、湖泊、瀑布、溶洞。
天造奇观，美不胜收。
形态奇特的剑状、蘑菇状、塔状、柱状、城堡状、石芽、原野等，似人似物、栩栩如生的石林，或隐于洼地，或漫布盆地、山坡、旷野，或奇悬幽险，亭亭玉立，集中体现了世界能给予人类的最伟大惊奇。
石林的魅力，在于永远看不透，永远难以用言语表达清楚。置身石林，宛如进入石峰石柱的海洋。举目四望，比比皆是造型美妙的石峰石柱，稍换角度，景象又迥然不同，变化多端，让人目不暇接。
沿石缝间的曲折小径，忽而可达峰顶望远，忽而可至深谷探幽。但见嶙峋的奇峰怪石与奇花异草相映成趣，既有雄奇阳刚之美，又有阴柔妩媚之幽。
石林的石峰石柱，形态奇特，有的甚至状人拟物，惟妙惟肖。有的好似撒尼族人传说中的美丽少女阿诗玛，头戴包头，身负背篓，亭亭玉立、翘首远望；有的如“母子偕游”，像一位雍容华贵的妇女携子漫步；有的好似“象踞石台，像一头凝固的大象立于石峰之上；有的像“干钧一发”，一块嶙峋巨石被两根壁立石柱撑在半空，看似随时要下落，经过其下，无不胆战心惊。石林奇石，无不形神兼备，栩栩如生，产生无尽的遐思。
不仅高大的石柱形态多样，石柱表面上的各种溶蚀纹理，也十分的奇妙。大大小小的沟纹如精美雕刻装点石柱表面，有的齐整密集、细腻平滑，如刀削斧劈。有的粗糙散乱，凸凹不平，粗看杂乱无章，细看却排列有致，似象形文字，又似天然浮雕。
石林的石峰石柱，还会随天气的变化而改变颜色。阵雨之时，灰白色的石林须臾之间竟成了浓黑色，凝重端庄，宛如一幅泼墨山水画。雨过天睛，数十分钟内，无数石峰又魔幻般由黑色变成了斑驳的杂色，最后又变成灰白色，还其本来面目，让人惊叹。
在我国的古典园林中，石景是重要的组成部分。风景园林是浓郁的自然景观，因而其最高境界就是逼近自然。长久以来，石林景观的自然和谐与美妙形态，给园林艺术以深刻地影响。
许多石景建造的原则，如“立峰”的造型标准为“疲、漏、透、皱”，“卧石”的标准要如出土的石芽等，都是石林景观的写照。
石林之美，并不仅仅限于奇峰异石，而且还体现在石林与其他地貌和不同背景多种组合，所呈现出来的整体美。成片的石林或突兀于广阔原野、或残留山脊，或藏于林间，或立于湖泊，在红土大地上，映衬着蓝天白云，如诗如画。同一座石峰，同一处场景，不同的季节，不同的天气，甚至一天里的不同时间去看，都会是不同的景象，美轮美免。
芝云洞位于一座石灰岩的大石山中，据史料记载，芝云洞是因洞口石似芝与云而得名。传说，在洞里面有仙人居住，故被称为“石洞仙踪。
芝云洞磅礴空敞，可容千人，四壁乳窟，声之有声，击之有声，怪石不可名状。大芝云洞洞长米，宽3米至15米，高5米至30米，呈“丫”形，两段洞由一低矮狭窄的洞门连为一体。进入洞中仿佛进入一葫芦的肚中，更显空阔。
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